Filomena Lima nasceu em Coimbra e pertence a uma família numerosa. Licenciou-se em Filosofia pela Universidade de Coimbra, onde também concluiu o Mestrado em Filosofia Contemporânea em 1991.
Ensina no ensino oficial. Foi aprovada em 2013/14 nos quatro seminários de Doutoramento em Filosofia da FCSH/Universidade Nova de Lisboa, na especialidade de Lógica e Filosofia da Linguagem.